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近期台灣接連出現本土新冠肺炎群聚疫情，也因此本土武肺疫情急速爆發，也因為目前全台灣已逾半縣市出現本土新冠疫情，讓台灣疫情進入社區流行階段，所以中央流行疫情指揮中心已宣布，即日起全國升至警戒三級。也由於受警戒三級影響，台鐵宣布自5月21日起至6月8日（週二）止，會減駛列車班次。台灣高鐵亦同樣宣布減駛班次，不過減駛期間則從5月21日至6月10日止。
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台鐵表示，因受新冠肺炎疫情影響，旅客乘車意願降低致運量銳減，台鐵局評估疫情期間旅運需求，在不影響平日通勤之原則下，將於2021年5月21日起至6月8日止，停駛平日各級列車25列次、假日各級列車40列次。
此外，列車停駛受影響旅客，台鐵局將協助退換票或改搭當日最近班次列車繼續行程；已購票旅客不限搭乘區間，均可自票面乘車日起1年內，持實體車票至臺鐵各車站窗口辦理退票，免收手續費，已完成網路付款未取票之車票及臺鐵e訂通退票之車票，手續費由臺鐵局統計批次退款。
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- 台灣高鐵指出，其短期班表因應措施如下：
一、因應短期班表（5/21～6/10）實施期間取消部分車次，本公司將針對購買遭取消車次之車票且有留下聯絡方式的旅客，主動透過電子郵件或簡訊發布通知，並依旅客需求協助辦理退票或改訂其他車次。若旅客未及於乘車前改訂其他車次，站務人員將於現場協助退換票或改搭當日最近車次繼續行程。
二、台灣高鐵也將積極透過T-Express手機App簡訊推播、企業網站、車廂跑馬燈、高鐵TGo會員eDM以及車站張貼海報等方式，主動與旅客溝通各項配合防疫最新營運服務調整訊息，敬請旅客留意相關訊息。
台灣高鐵表示，該公司因減班所生餘裕人力將投入加強防疫工作、設備維護檢修及人員教育訓練，期望疫情趨緩後，持續為旅客提供更加優質、安全的高鐵旅運服務。
