การตามล่ากำจัดปลาหมอคางดำ สัตว์สายพันธุ์ต่างถิ่นที่ทำลายสัตว์น้ำพื้นเมืองในไทยไม่ใช่เรื่องง่าย หลังจากมีการแพร่ระบาดใน 16 จังหวัดทั่วประเทศ เนื่องจากปลาหมอคางดำอาศัยอยู่ได้เกือบทุกสภาพน้ำ ตั้งท้องเพียง 22 วันก็สามารถวางไข่ได้ 50-300 ฟอง กรมประมงจึงต้องออกมาตรการควบคุมและกำจัดในทุกแหล่งน้ำ โดยการปล่อยปลากะพงขาวและปลาอีกง ซึ่งเป็นปลานักล่ามาควบคุม รวมทั้งตั้งจุดรับซื้อปลาหมอคางดำกิโลกรัมละ 15 บาท 
ปลาหมอคางดำสามารถทอดเป็นปลาแดดเดียว หรือราดด้วยน้ำยำใส่มะม่วงได้ ซึ่งมีรสชาติอร่อย
หนึ่งในวิธีกำจัดปลาหมอคางดำคือการนำไปทำเป็นอาหารหรือผลิตภัณฑ์ต่างๆ เช่น ปลาป่น ปุ๋ย และอาหารสัตว์ แต่กลิ่นคาวของปลาหมอคางดำอาจทำให้ไม่เป็นที่นิยมนำมารับประทาน ซึ่ง ผศ.จุฑามาศ มูลวงศ์ จากมหาวิทยาลัยราชภัฏสวนสุนันทา แนะนำให้ล้างปลาด้วยน้ำหรือสมุนไพรเพื่อลดกลิ่นคาวก่อนนำมาปรุงอาหาร
อาจารย์จารึก ศรีอรุณ จากโรงเรียนการเรือน มหาวิทยาลัยสวนดุสิต กล่าวว่าปลาหมอคางดำมีรสชาติอร่อยกว่าปลานิล สามารถนำไปทำอาหารไทยได้หลากหลายเมนู เช่น แกงเผ็ด แกงป่า แกงเหลือง หรือแกงส้มใต้ และยังสามารถนำไปทอดกระเทียมหรือทำเป็นปลาแดดเดียว หากปลามีขนาดใหญ่พออาจลองนำไปทำอาหารฝรั่ง เช่น สเต๊กปลาหมอคางดำ
