因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情，中央流行疫情指揮中心宣布自109年3月19日零時起，限制所有非本國籍人士入境，事前申請核准者才予放行，且入境後須進行14天居家檢疫，致遠洋漁船境外僱用外籍船員無法入境。經農委會研擬「遠洋漁船境外僱用外籍船員入境防疫措施」，並依據「制定嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」第7條報請指揮官同意採取必要措施，經中央流行疫情指揮中心第19次會議通過，自昨(1)日起施行，遠洋漁船境外僱用外籍船員，依規定完成檢疫後始可入境。至於109年3月19日至3月31日進港的遠洋漁船，均可補辦申請程序。
農委會說明，遠洋漁船境外僱用外籍船員入境檢疫作業流程分為「外籍船員隨船入港」及「外籍船員搭機入境」二部分辦理。
一、外籍船員隨船返港部分：
漁船返港3日前，船主須檢具「嚴重特殊傳染性肺炎返港通報單」、「境外僱用非我國籍船員隨船返港入境辦理居家檢疫計畫書」等相關文件通報農委會漁業署，並由農委會漁業署將查核結果通報各權責機關。
倘經核對之遠洋漁船自臺出港後，航行過程「全程從未有」或「返港前30日以上未有」海上轉載、進入他國港口、併船交流、船員異動及接受公海登檢等5項情形，且入境時經體溫量測及發燒咳嗽等症狀初判身體無異狀者，返臺時原則同意無須原船檢疫；未符合情形或船員身體有異狀者，均需進行原船檢疫14天。
為利衛生單位進行檢疫工作，除緊急狀況外，漁船進港時間限制在上午8時至17時30分，原船檢疫14天期間，船主應指派1名返港時在船上之我國籍船員負責督導船上船員進行原船檢疫14天。
受指派留船之我國籍船員應協助外籍船員完成線上填寫健康聲明書，並按日將所有船員之「體溫及健康狀況紀錄表」資訊，回報當地地方政府。農委會漁業署及當地地方政府漁政人員亦將不定期抽訪關懷。
二、外籍船員搭機入境部分：
搭機入境之外籍船員，一律須辦理居家檢疫14天，船主及仲介機構應先行通知外籍船員自備手機，並備妥我國門號，如外籍船員無手機應由船主或仲介機構準備。
船主於申請船主保證函時，即應檢附「境外僱用非我國籍船員搭機入境辦理居家檢疫計畫書」，檢疫場所須1人1間且有24小時管理人員，並由地方政府進行書面審查及現場查核，地方政府於核發許可函時，將連同前述計畫書影本副知移民署及農委會漁業署。
船主或仲介機構應於外籍船員入境前3日將外籍船員預定入境之名單、班機、時間、機場航廈等資訊提供農委會漁業署，並限制於上午7時至晚上8時由農委會漁業署指派人員至機場管制區接機。
農委會漁業署人員將外籍船員交由船主或仲介機構接機人員，確認外籍船員人數後簽名，完成接機程序送至居家檢疫場所。外籍船員須依「境外僱用外船員搭機入境辦理居家檢疫計畫書」入住檢疫場所，並應依「防範嚴重特殊傳染性肺炎入境健康聲明書居家檢疫通知書」所載事項辦理。外籍船員接送可搭乘防疫車隊或自行安排專用車輛，但不得搭乘大眾運輸工具。
農委會說明，為使相關政府部門及業界、仲介等瞭解即將實施防疫措施的作業流程，農委會漁業署已於109年4月1日分別在高雄、東港及蘇澳邀集各地方政府漁政、衛生部門、漁業團體及仲介等單位，舉辦3場說明會，說明防疫措施的必要性，並請船主能協助配合，讓引進外籍船員不會成為防疫破口。
農委會強調，推動外籍船員強化防疫管理措施，是配合疫情指揮中心整體防疫政策，居家或原船檢疫期間，切勿發生擅離指定檢疫地點或其他具感染他人風險之行為，違反者將可依制定嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例規定，處新臺幣10萬元以上100萬以下元罰鍰。船主未善盡管理責任，亦可依同條例規定，處新臺幣5萬元以上100萬元以下罰鍰。
訊息來源：行政院農委會
