內政部入出國及移民署自96年1月2日成立，整合了原本跨兩機關的華僑證照服務、內政部戶政司的移民照顧輔導及機構管理業務、警政署航空警察局及港務警察局的證照查驗、警政署與各縣市警察局的外僑及大陸地區人民管理業務。
經過組織改造，104年1月2日，正式更名為「內政部移民署」，將外籍及大陸配偶的家庭服務，及防制人口販運工作納入法定職掌事項，完整了外來人口管理及輔導關懷的拼圖。改設入出國事務組、移民事務組、國際及執法事務組、移民資訊組4個組，秘書室、人事室、主計室及政風室4個室，北區事務、中區事務、南區事務及國境事務大隊4個大隊。
109年1月2日，移民署正式邁入第14個年頭。從國境線上的防堵，到境內外來人口的輔導、關懷、查察及查緝，移民署的同仁持續在崗位上堅守著，並且在未來會持續走下去！
