有關民眾反映臺南轉運站未設置男女穆斯林祈禱室及淨身室而歧視回教徒問題，臺南市政府交通局回應強調，臺南轉運站配合新南向政策設置有穆斯林祈禱室及淨身室，並有安排專人進行清潔維護，絕無歧視回教徒之意。
交通局局長王銘德指出，臺南轉運站是市長黃偉哲相當重視的交通建設，也是臺南市具指標性的公共運輸場站，相當重視每位使用者需求，在規劃設計時即將友善穆斯林旅遊環境納入考量，設置有祈禱室及淨身室可供穆斯林信徒使用。
局長王銘德表示，臺南轉運站涵蓋國道客運、市區公車、計程車、停車場及商店街等服務而為一綜合型轉運站，受限整體規劃空間有限，實無法單獨設置男女分別之祈禱室與淨身室，如穆斯林朋友有使用上之需求，亦可先至轉運站服務臺洽詢，委託營運單位將指派專人提供協助。
公共運輸處處長呂獎慧說明，臺南轉運站作為臺南市現代化運輸場站，相當重視環境的整潔，祈禱室與淨身室均有專門廠商進行清潔維護，而地毯涉及個人衛生習慣多由使用者自備，目前觀察已經有穆斯林的朋友使用，尚未收到特殊使用需求。臺南轉運站營運初期如有服務不周全之處，仍歡迎民眾逕向服務台或公共運輸處反映，將請同仁及委託營運單位儘速研議處理。
